Coot (Kit de ferramentas orientado à objetos cristalinos)

Coot é  usado para a construção de modelos macromoleculares, conclusão de modelos e validação, é particularmente adequado para modelagem de proteínas usando dados de raios-X. Coot exibe mapas e modelos e permite manipulações de modelos como idealização, refinamento espacial real, rotação manual / tradução, encaixe de corpo rígido, pesquisa de ligandos, solvatação, mutações, rotâmeros, parcelas de Ramachandran, esqueletização, simetria não cristalográfica, entre outras  funções.